➢  大尺度人类蛋白质相互作用网络的构及功能基因拓扑结构特征分析

针对现有研究考虑的网络规模过小,不足以反映真实系统特征的问题，基于高通量实验数据创建的网络数据库(BioGRID, HPRD, OPHID等)及文献构建了一个大尺度的人类蛋白质相互作用网络，这一网络含有17311个节点,覆盖近70%人类基因。研究了构建的人类蛋白质相互作用网络的拓扑结构性质,并且深入研究了必要基因、看家基因、演化保守基因及致病基因等的若干拓扑结构特征,对相关基因的拓扑识别具有重要意义。

(a)必要基因构成的子网络以及致病基因构成的子网络; (b)6组功能基因VENN图; (c)9个拓扑指标识别必要基因和看家基因的ROC曲线图; (d) 21类致病基因拓扑结构特征统计直方图; (e) 21类致病基因的拓扑结构特征聚类图。

➢  油菜干旱胁迫相关基因识别与分析

   与生命科学研究者合作,通过实验设计及转录组测序,利用统计分析的方法,我们识别了169个油菜干旱响应关键基因,对这些基因进行了GO及通路富集分析、网络分析,证实了这些基因在干旱胁迫过程中的重要作用。特别地，结合我们前期对于前馈环的动力学与功能研究,一定程度上解释了油菜响应干旱胁迫的一些分子机制;最后,利用qRT-PCR实验验证了结果的可重复性。

(a)-(d) 设计的4个实验对照组中差异表达基因火山图；(e) 4个对照组中差异基因VENN图；(f) 识别的三类共169个干旱相关关键基因表达量聚类图；(g)和(h)分别表示基于KEGG标注信息构建的油菜基因网络以及通路网络.